Die kostenlosen Antivirenprogramm sind in der Regel eingeschränkt. Zum Beispiel fehlt ihnen eine Verhaltenserkennung, die auf Grund der Tätigkeiten auf dem Rechner entscheiden, ob etwas verdächtiges im Gange ist. Oder die Programme überprüfen keinen ein- und ausgehenden E-Mail-Verkehr. Daneben installieren die Gratisprogramme häufig Mitbringsel wie Browser-Toolbars und lassen sich diese Werbeplattformen von den Werbetreibenden bezahlen; die Antivirensoftware erinnert auch immer wieder gerne daran, dass es die gleiche Software auch in einer Kaufversion gibt. Zumindest die Toolbars lassen sich aber bei der Installation bereits deaktivieren oder danach in der Systemsteuerung unter Software (Windows XP) oder Programme und Funktionen (Windows Vista / Windows 7) deinstallieren.
Zudem dürfen kostenlose Antivirenprogramme in aller Regel ausschließlich privat verwendet werden, was eine Nutzung an Schulen, in Vereinen oder anderen gemeinützigen Einrichtungen verbietet. Nur Comodo erlaubt die freie Nutzung, Microsofts Security Essential erlauben eine beschränkte gewerbliche Nutzung auf bis zu zehn PC. Es lohnt in jedem Fall die Nutzungsbedingungen vor der Installation zu prüfen, wenn der Computer nicht nur rein privat genutzt wird.
Auch der Updateintervall ist bei kostenlosen Programmen deutlich höher als bei den Kaufversionen.
Für eine ordentliche Virenbekämpfung sollte der Scanner immer über eine Verhaltenerkennung verfügen. Die wird bei den kostenlosen Virenjägern aber nur von Avast, AVG und Comodo mitgeliefert.
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