Bootkits oder Parallelinstallationen erfordern manchmal eine Reparatur des Bootbereiches der Festplatte. Unter Windows XP startet man von einer Installations-CD und drückt r für Reparaturoptionen. Es erfolgt eine Anmeldung an das installierte System mit dem passenden Kennwort. Nun gibt man fixmbr ein und der Bootbereich der Festplatte wird neu geschrieben, wenn man die folgende Nachfrage mit j beantwortet. Mit exit beendet man die Prozedur und startet den Rechner neu.
Unter Windows 7 und Windows Vista startet man von der entsprechenden Installations-DVD und wählt die Computerreparaturoptionen, dann die Eingabeaufforderung. Dort erfüllt der Befehl bootrec /fixmbr den gleichen Zweck.
Ein beschädigter Bootsektor wird mit bootrec /fixboot repariert.
